El IES Miguel Fernández empezó a funcionar en el curso 92-93 con los alumnos de 7º y 8º de los Colegios Públicos Reyes Católicos y Real y en el siguiente curso comenzó a impartirse la Educación Secundaria Obligatoria siendo el primero en hacerlo en Melilla y uno de los primeros del territorio nacional.

Se encuentra situado en la encrucijada de tres populares barrios: Real, Industrial e Hipódromo. El entorno en el que se encuentra ubicado actualmente se encuentra en plena expansión por el grado de construcción de viviendas. En la actualidad atendemos a un total de 917 alumnos de los cuales 686 reciben las enseñanzas correspondientes a los cuatro cursos de Educación Secundaria Obligatoria, 215 en Bachillerato y los 16 restantes realizan el Programa de Cualificación Profesional Inicial. Para atender a estos alumnos el Claustro está compuesto por 88 profesores.